Có một vài thuyết về nguồn gốc tên gọi của sông Samara và thành phố Samara như sau:

• Trong các ghi chép của vị thư ký đại sứ quán của khaliphat (Hồi quốc) Abbasid tại vương quốc Volga Bulgaria là Ahmad Ibn Fadlan (năm 921), con sông này được gọi là Samur (tiếng Iran) nghĩa là "hải ly, rái cá". Các tên gọi ngày nay trong tiếng Nga và tiếng Turk cho các con sông nhỏ trong lưu vực sông Samara theo tên gọi loài thú này cũng không phải là ít (kiểu Konduzla, Bobrovka với бобр (bobr) là từ trong tiếng Nga có nghĩa như đã đề cập).
• M.Phasmer nói về nguồn gốc tên gọi con sông từ "samar" trong tiếng Tatar và tiếng Chuvash, "samr" trong tiếng Kalmyk, "samar" trong tiếng Chagatai đều có nghĩa là bao, bị hay từ "sardar" trong tiếng Kyrgyz nghĩa là chậu, bình. Người ta cũng đề xuất rằng trong tiếng Turk nó có thể được gọi là "chỗ uốn cong của con sông"
• V.Ph. Barashkov liên hệ các tên gọi của con sông với từ samar trong tiếng Mông Cổ nghĩa là "cây/quả hồ đào hay cây/quả óc chó".
• Từ sự kết hợp gốc từ tiếng Iran "sam" hay "sham" hoặc từ tiếng Hungary "semar" (sa mạc, thảo nguyên) và từ gốc từ tiếng Hungary "ar" nghĩa là con sông trên thảo nguyên (I.Nikolsky)
• Từ tiếng Mông Cổ "samura, samaura" nghĩa là pha trộn/lẫn lộn, khuấy đục.

Một vài tác giả đưa ra các đề xuất sau cho nguồn gốc tên gọi:

• Từ tên của con trai của Noah là Shem (Sim/Sama), dường như là người chủ các vùng đất ở hai bờ của sông Volga và sông Samara tại phía đông nam, bao gồm cả một số vùng thuộc Trung Á ngày nay.
• Từ tên gọi của thành phố Samarkand, mà theo truyền thuyết thì người lập ra nó là Shamar (Samar)
• Từ Samaria trong kinh Thánh.
• Từ cụm từ tiếng Ả Rập "سر من رأى" ("Sarr min ra’a") nghĩa là "ai nhìn thấy đều vui sướng" (tương tự như từ nguyên có trong tên gọi thành phố Samarra, kinh đô của nhà nước Ababasid cổ đại, ngày nay ởt Iraq, trên bờ đông sông Tigris)
• Từ sự kết hợp của từ tiếng Nga "сама" (sama) và các tên gọi trong tiếng Hy Lạp/Ai Cập cổ đại của sông Volga "Ra" nghĩa là "con sông đầy nước, như chính [sông] Ra".
• Từ tiếng Nga cổ "самара, самарка" (samara, samarka) nghĩa là áo vạt dài (E. Bazhanov)